La acción genocida se inscribió en el contexto de una guerra irregular diseñada por la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) tras el levantamiento zapatista. La primera versión de la estrategia contrainsurgente está contenida en el Plan de Campaña Chiapas 94, atribuido al general Miguel Ángel Godínez, comandante de la séptima región militar (1990-95). El objetivo estratégico operacional de dicho plan era destruir la voluntad de combatir del EZLN, aislándolo de la población civil. Como objetivos tácticos figuraban la destrucción, desorganización o neutralización de la estructura política y militar de la insurgencia, para lo cual, junto con operaciones de inteligencia, sicológicas y de control de población, se instruía la organización y asesoramiento de fuerzas de autodefensa.

De manera textual se ordenaba organizar secretamente a ciertos sectores de la población civil, entre otros, a ganaderos, pequeños propietarios e individuos caracterizados con un alto sentido patriótico, quienes serán empleados a órdenes en apoyo de nuestras operaciones. Según el plan, las operaciones militares incluían el adiestramiento, asesoramiento y apoyo de las fuerzas de autodefensa y otras organizaciones paramilitares, tareas que quedaban a cargo de instructores del Ejército. Los paramilitares debían participar en los programas de seguridad y desarrollo de la Sedena. Entre otras tareas, debían suministrar información que alimentara las distintas ramas de la inteligencia militar (contrainformación, inteligencia de combate, inteligencia para el apoyo de operaciones sicológicas, inteligencia de la situación interna). Además, en coordinación con el gobierno de Chiapas y otras autoridades, la séptima región militar debía aplicar la censura a los medios de difusión masiva.

La Sedena estimaba entonces que entre tropa de elite y milicianos el EZLN contaba con 4 mil 800 efectivos, en tanto que su mar territorial (organizaciones de masas) abarcaba 200 mil personas. Los grupos paramilitares comenzaron a actuar en Chiapas casi a la par de la ofensiva militar del 9 de febrero de 1995. Dicha acción, conocida como la traición de Zedillo, falló en su intento por capturar al subcomandante Marcos y descabezar a la comandancia indígena, pero dio inicio a la fase de guerra sucia y paramilitarización del conflicto.

La campaña militar fue ejecutada por el comandante de la séptima región militar, general Mario Renán Castillo (1995-1997), egresado del Centro de Entrenamiento en Guerra Sicológica, Operaciones Especiales y Fuerzas Especiales de Fort Bragg, Estados Unidos. Él creó la Fuerza de Tarea Arcoiris y grupos de fuerzas aerotransportadas del Ejército. Siguiendo el ejemplo de los boinas verdes del Pentágono en Vietnam, dentro de la estrategia de guerra irregular también creó en Chiapas una docena de grupos paramilitares. Tal estrategia contrainsurgente, perfeccionada por los kaibiles en Guatemala en los años 80, consistía en reclutar, armar y entrenar indios para intentar matar, desde adentro, la semilla de la autonomía zapatista. Para los mandos castrenses, los ayuntamientos rebeldes representaban la decisión de un nuevo sujeto político independiente y autoafirmado al que había que destruir.

El crimen de lesa humanidad de Acteal fue una acción bélica orquestada con frialdad. Respondió a una lógica profunda: la intensificación del conflicto. El general Castillo aplicó en Acteal los lineamientos del Manual de guerra irregular, operaciones de contraguerrilla y restauración del orden, editado por la Sedena y cuya autoría se le atribuye. En él se enseña cómo combatir a la insurgencia. Citando a Mao Tse-Tung, se afirma que el pueblo es a la guerrilla como el agua al pez. Pero al pez, agrega, se le puede hacer imposible la vida en el agua, agitándola, introduciendo elementos perjudiciales a su subsistencia, o peces más bravos que lo ataquen, lo persigan y lo obliguen a desaparecer. Según el manual, para hacer de la vida del pez una pesadilla es preciso mantener acciones interrelacionadas entre las operaciones para controlar a la población civil y las acciones tácticas de contraguerrilla. En ese sentido, el involucramiento de civiles en operaciones militares estuvo coordinado con acciones sicológicas, la acción cívica y la implementación de una amplia red de información. Tal estrategia estuvo dirigida a tender un cerco sanitario en torno al EZLN, para fijarlo en un terreno previamente cuadriculado y, una vez aislado de su base social, intentar destruirlo y aniquilarlo.

En los hechos de Acteal la política y la justicia quedaron subordinadas a la lógica de la guerra de baja intensidad. La liberación de 20 paramilitares ahora, debido a que no se siguieron los procedimientos del debido proceso, deja abierto el problema de la verdad. Un informe recientemente desclasificado, elaborado por la Agencia de Inteligencia de la Defensa de Estados Unidos, confirma el vínculo directo entre el Ejército y los paramilitares en Chiapas y contradice la historia oficial y a los escribas revisionistas de Nexos y el CIDE.

Siguiendo hacia arriba la cadena de mando, la autoría intelectual de la matanza alcanza a los dos comandantes de la séptima región militar de la época; al secretario de Defensa, general Enrique Cervantes, y al comandante supremo de la Fuerzas Armadas, el entonces presidente Ernesto Zedillo.